Dosen pengampu: Luisa Diana
Handoyo, M. Si.
Oleh:
1. Margaretha Bertie Riyani 101434011
2. Evi Lianawati 101434013
3. Treresia Winda S. 101434015
4. Yolanda Endear G. M. S. 101434019
PROGRAM
STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS
KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS
SANATA DHARMA
YOGYAKARTA
2012
A.
Acara Praktikum
Judul praktikum :
Isolasi DNA Sederhana
Hari, tanggal : Jumat, 14 September 2012
Waktu :
Pukul 14.20 – 16.20 WIB
Tempat :
Laboratorium Biologi Universitas Sanata Dharma
B.
Tujuan Praktikum
Tujuan yang ingin dicapai dalam praktikum ini adalah
mahasiswa mampu mempraktikkan cara mengisolasi DNA secara sederhana.
C.
Dasar
Teori
DNA merupakan persenyawaan kimia
yang paling penting pada makhluk hidup, yang membawa keterangan genetik dari
sel khususnya atau dari makhluk dalam keseluruhannya dari satu generasi ke
generasi berikutnya. Molekul DNA terdapat pada nukleus, mitokondria, plastida
dan sentriol. Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan
tidak bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida
berbentuk lingkaran (Suryo, 2012 : 59).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara
sederhana. Pengisolasian DNA secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan
dinding sel, membran plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara
kimiawi. Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan.
Pemecahan dinding sel secara
mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan atau penggerus menggunakan mortar
dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen.
Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah untuk melisiskan membran inti
untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi
pada lapisan atas bukan lapisan bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut
dalam etanol tetapi larut dalam air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka
tersebar dalam larutan sehingga tidak terlihat. Ketika molekul tersebut
berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut meraka akan berkumpul/ menggumpal
sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA terlihat seperti serabut-serabut putih
yang terkumpul diatas permukaan larutan karena masa jenis etanol lebih kecil dari
pada masa jenis air. Etanol yang digunakan harus benar-benar dingin dan berasal
dari lemari pendingin, hal ini bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi.
Apabila etanol yang digunakan kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan
presipitat kurang sempurna.
D.
Alat,
Bahan dan Cara Kerja
1. Alat
a. Gelas
plastik
b. Beker
glass
c. Pipet
tetes
d. Saringan
biasa
e. Kain
penyaring
f. Kertas
saring
g. Blender
h. Corong
glass
i.
Tabung reaksi
j.
Rak tabung reaksi
k. Spatula
l.
Gelas ukur
m. Timbangan
n. Stopwatch
o. Pisau
2. Bahan
a. Buah-buahan
(melon, semangka, tomat, nanas, jeruk, dan strawberry)
b. Detergen
bubuk
c. Akuades
d. Garam
dapur (NaCl)
e. Etanol
absolut dingin
3. Cara
Kerja
a. Buah
dibersihkan dari kulitnya dan ditimbang sebanyak 250 gram.
b. Kemudian
buah tersebut dimasukkan ke dalam blender dan ditambah 250 ml akuades,
diblender selama 1 menit.
c. Jus
buah yang telah diblender disaring sebanyak tiga kali. Penyaringan pertama
menggunakan penyaring biasa, penyaringan kedua menggunakan kain penyaring, dan
penyaringan ketiga menggunakan kertas saring.
d. Air
hasil saringan (alikot) dimasukkan ke dalam beker glass.
e. Larutan
garam dan detergen dibuat dengan mencampurkan 1 (satu) sendok detergen ditambah
2 (dua) spatula NaCl lalu ditambah dengan 56 ml akuades, diaduk selama 15 menit
hingga larut. Pengadukan dilakukan secara perlahan agar tidak ada buih yang
dihasilkan dari pengadukan.
f. Alikot
yang sudah siap dimasukkan ke dalam tabung reaksi sebanyak 2 ml, kemudian
ditambah dengan larutan detergen-garam. Lalu diaduk secara perlahan agar tidak
menghasilkan buih selama sekitar 3 menit.
g. Setelah
3 menit, alikot yang telah tercampur dengan larutan detergen-garam ditambahkan
dengan etanol absolut dingin tetes demi tetes sebanyak 6 ml melalui dinding
tabung reaksi.
h. Waktu
pembentukan dan ketebalan benang-benang DNA dicatat pada masing-masing jus
buah.
E.
Hasil
Percobaan
Hasil yang diperoleh dari
percobaan dapat dilihat pada tabel di bawah ini:
Tabel
1. Hasil penghitungan waktu dan pengukuran ketebalan benang-benang DNA pada
beberapa jenis buah yang terbentuk.
|
No.
|
Nama Buah
|
Waktu (detik)
|
Ketebalan (cm)
|
|
1.
|
Melon
|
10,76
|
0.3
|
|
2.
|
Nanas
|
9
|
0.5
|
|
3.
|
Jeruk
|
7
|
4.4
dengan gumpalan di bagian atas
|
|
4.
|
Strawberry
|
77
|
1.6
|
|
5.
|
Tomat
|
9
|
0.5
|
|
6.
|
Semangka
|
10
|
0.3
|
Dimana waktu merupakan waktu
pembentukan benang-benang DNA yang dihitung sejak pertama kali diteteskan
etanol absolut dingin.
F.
Pembahasan
Berdasarkan
hasil percobaan pada tabel 1, diperoleh hasil bahwa setiap buah memiliki waktu
yang berbeda-beda dalam pembentukan molekul DNA dan ketebalan DNA yang
terbentuk. Saat penetesan etanol ke tabung reaksi yang berisi alikot melon,
dibutuhkan waktu 10,76 detik untuk terbentuknya benang-benang DNA. Sementara
pada alikot nanas dan tomat membutuhkan waktu 9 detik untuk pembentukan benang
DNA. Waktu untuk pembentukan benang DNA yang tersingkat terjadi pada buah
jeruk, yaitu hanya membutuhkan waktu selama 7 detik. Buah semangka membutuhkan
waktu 10 detik untuk membentuk benang-benang DNA. Dan buah strawberry memiliki
waktu yang paling lama untuk membentuk benang-benang DNA, yaitu selama 77
detik.
Ketebalan
DNA yang terbentuk pun bervariasi, mulai dari yang tipis sampai yang tebal.
Lapisan DNA yang paling tebal berada pada alikot buah jeruk dengan ketebalan
4,4 cm, tetai terdapat gumpalan berwarna kuning di bagian atas lapisan benang DNA.
Sementara pada alikot buah lain tidak terjadi gumpalan seperti pada alikot buah
jeruk. Ketebalan benang DNA pada buah semangka dan melon sama, yaitu hanya 0,3
cm. Sementara pada buah nanas dan tomat ketebalan benang DNA memiliki angka
yang lebih besar, yaitu 0,5 cm. Dan pada buah semangka diperoleh ketebalan
benang DNA sepanjang 1,6 cm.
Buah
dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika dibandingkan
dengan buah berkadar air rendah (kaya serat). Semakin tinggi kadar air maka sel
yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit, sehingga DNA yang
terpretisipasi juga akan sedikit. Suatu sumber menyatakan bahwa dalam proses pembuatan
sumber DNA untuk isolasi DNA hendaknya jangan terlalu encer karena semakin
encer sumber DNA, DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang
lisis di dalam air tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA
yang lebih kental (Anonim, 2005). Namun, masalah pengaruh keenceran terhadap
hasil isolasi DNA dapat diatasi dengan pengurangan jumlah Akuades yang
digunakan sehingga walaupun sumber DNA yang digunakan adalah buah dengan kadar
air tinggi, tetap dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.
Dengan
adanya garam (kation kovalen seperti Na+) dan pada suhu dibawah 20˚ C atau
kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan
baik. Pemekatan ini dilakukan dengan penambahan ethanol pada lapisan atas
sampel sehingga terjadi pesipitasi DNA pada perbatasan kedua larutan. Dalam
proses ini ion Na+ akan memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif ion
fosfat DNA. Kutub tersebut bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak
menolak satu sama lain sehingga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub
negatif fosfat DNA, DNA akan berkumpul. garam juga berperan penting, yaitu
untuk menghilangkan protein dan karbohidrat karena garam dapat menyebabkan
keduanya terpresipitasi, dan bersama-sama dengan detergent,
G.
Kesimpulan
1. DNA
dapat diisolasikan dari sumber DNA berupa buah dengan penambahan larutan
deterjen dan etanol serta garam untuk membantu presipitasi DNA.
2. Hasil
isolasi DNA sangat dipengaruhi oleh jenis buah. Terbukti dari hasil pengamatan,
pada masing-masing buah didapatkan hasil yang berbeda.
3. Semakin
encer alikot, DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang
lisis di dalam air tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA
yang lebih kental.
Daftar
Pustaka
http://zuzoqu.wordpress.com/tag/genetika/, diakses pada 17 September 2012
http://mubtadiahc.blogspot.com/2012/04/isolasidna-dengan-metode-kitchen.html, diakses pada 16 September 2012
VIDEO: http://www.4shared.com/video/UEkJ5N2G/icttt_baru.html
